現在は普広院・慈照院・豊光寺・大光明寺のほか、大通院・光源院・慈雲院・長得院・瑞春院・玉龍院・林光院・養源院を山内塔頭、北区の鹿苑寺・真如寺、左京区の慈照寺を寺外塔頭とする。
本堂（法堂）が国指定重要文化財で、寺宝として国宝の無学祖元墨蹟四幅がある。そのほか数多くの国指定重要文化財を蔵する。
また、鐘楼の横には千宗旦にまつわる稲荷杜があり、開運の神として信仰を集めている。
法堂の西に後水尾天皇御歯髪塚をはじめ、東山天皇の皇女光明定院、光格天皇の皇女相厳身院、足利義政・義尚、藤原惺窩、伊藤若冲の墓が存する。